リアルタイムPCR, Real-time PCR

2018/05/03 Last update

 

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  1. 原理
  2. プライマーの設計
  3. 絶対定量と相対定量
  4. 融解曲線分析
  5. 図の書き方(とくに Y 軸)
  6. Tips

原理

融解曲線分析

SYBR でリアルタイム PCR を行う場合には,目的の産物のみが増幅されていることが必要である。融解曲線分析 dissociation curve analysis or melting curve analysis はこれを確認するための方法で,PCR のあとに一定のプログラムを走らせることで行う。なお,増幅産物の電気泳動も有効である。

 

図の書き方(とくに Y 軸)

内部標準遺伝子に対する相対値で示す

比較 Ct 法で得たデータを内部標準遺伝子 internal control gene に対する相対量で表示する方法。軸の数値が一般に小さくなる。

 

2-dCt をプロットしていると思われるが,この方法に関する教科書レベルの文献をまだ見たことがないので,今後調べてみたい。

Legend 抜粋(1)

 

Comparison of the Expression of T1Rs and Gustducin in Islets and MIN6 cells.

mRNA levels for T1R2 (a), T1R3 (b) and Gagust (c) were measured by quantitative PCR in islets and MIN6 cells and expressed as relative to beta actin.


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References

  1. Nakagawa et al. 2009a. Sweet taste receptor expressed in pancreatic b-cells activates the calcium and cyclic AMP signaling systems and stimulates insulin secretion. PLoS ONE 4, e5106.
  2. Bartelt et al. 2011a. Brown adipose tissue activity controls triglyceride clearance. Nat Med 2, 200-206.
  3. Livak and Schmittgen 2001a. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2-ddct method. Methods 25, 402-408.
  4. Schmittgen and Livak 2008a. Analyzing real-time PCR data by the comparative CT method. Nat Protoc 3, 1101-1108.